序盤：平和な時代から新たな冒険へ
物語は『NARUTO -ナルト-』の平和な時代から始まります。木ノ葉隠れの里は近代化が進み、ビルやモニター、雷車（電車）などが登場します。七代目火影のナルトの息子、ボルトは父親の偉大さにコンプレックスを抱きながら、忍者学校（アカデミー）に入学します。そこでサラダ（サスケの娘）やミツキ（大蛇丸の息子）と共に、チーム7として活動を始めます。
大筒木モモシキとの戦い
モモシキの登場
大筒木モモシキは、ボルトが最初に直面する強大な敵です。モモシキは他の大筒木一族と共に登場し、忍者世界に混乱をもたらします。彼はチャクラ果実を求めて忍者たちと戦い、ナルトやサスケもこの戦いに参加します。
決戦とカーマの発動
最終的に、ボルトが螺旋丸を使ってモモシキを倒しますが、その直前にモモシキはボルトにカーマを刻みつけます。これにより、ボルトはモモシキの力を一部取り込むことになり、以後の物語で彼の成長と葛藤の重要な要素となります。
中盤：「殻」とカワキの登場
物語が進む中、謎の組織「殻」が登場し、物語の雰囲気が一変します。「殻」のメンバーであるデルタが木ノ葉隠れの里に侵入し、ボルトは彼女との激闘を繰り広げます。この戦いでボルトは「超大玉螺旋丸」を使用し、辛くも勝利します。
カワキとの出会い
カワキという少年が現れ、彼の持つ「カーマ」の謎が明かされていきます。カワキはジゲンに狙われ、木ノ葉隠れの里に身を寄せることになりますが、ジゲンはカワキを取り戻すために里を襲撃します。ナルトやサスケも戦いに参加し、何とかジゲンを退けます。
激闘：大筒木イッシキとの戦い
イッシキの正体
ジゲンの正体が大筒木イッシキであることが判明します。イッシキはカワキを新たな器として選び、再び木ノ葉隠れの里を襲います。ナルトは新形態でイッシキと戦い、最終的に彼を撃退しますが、この戦いでボルトの意識がカーマによってモモシキに奪われるという事態が発生します。
カワキとボルトの絆
ボルトとカワキは共に戦いながら絆を深めていきます。カワキの存在はボルトにとっても重要であり、彼のサポートによりボルトはモモシキの支配から意識を取り戻すことができました。
クライマックス：コードとの戦い
新たな敵、コードの登場
物語の後半では、「殻」の残党であるコードが新たな脅威として登場します。コードは「白いカーマ」を持ち、ボルトたちに立ちはだかります。激しい戦いの中で、ボルトは再びモモシキに意識を奪われますが、カワキとサスケの助けを借りて何とか戦闘を続けます。
終章
コードとの激闘の中、カワキは再び重要な役割を果たし、ボルトの意識を取り戻すことに成功します。しかし、コードは里に侵入し、さらに大きな混乱を引き起こします。物語は次々と新たな展開を見せ、読者を引き込み続けます。
第二部：『BORUTO-ボルト- -TWO BLUE VORTEX-』
2023年からは第二部が始まり、ボルトやカワキの新たな冒険が描かれています。物語は引き続き、彼らの成長と新たな敵との戦いを中心に展開されます。